常設、長期仮設やイベントなどに置いてプロジェクターの管理や制御する機会が多々発生することがあるかと思います。
利用することが多いケースとして
A/Vミュート
スケジュール管理によるプロジェクターの電源ON/OFF
入力ソースの切り替え
指定プレイリストの再生（一部のPJ）
リモートからのPJステータス確認＆制御
etc...
が主にあげられると思います。
以下、用途が異なるものの方法としていくつか記載します。
各メーカーから用意されているBrowserビューでの管理
Ethernet経由でプロジェクターのIPを叩くと、機器情報を確認することができます。
主に異常系のチェックとリモコンでの操作ができない環境にある場合でのBrowserからの操作が主な使い方になります。
PJリンクコマンド
PC系からのプロジェクター制御のための規格です。
ビデオサーバー等からタイムライン等に合わせてコマンドを送ることで、制御することができます。
Browserからの制御と比べるとできることが少し異なります。
PJリモコンケーブル
従来この形での現場での制御が一般的で、幕間のタイミングでシャッターをON/OFFを切り替える時などに使用したりしていました。
大抵が中〜大型クラスのプロジェクターに備わっている機能で、見かける機会はあまりないかもしれません。
ケーブルはミニピンケーブルを使用して、PJとデイジーチェーンで複数を制御します。（だったと思います。1対1はできます。）
ArtNet
照明用の制御プロトコルArtNetに対応したプロジェクターも近年増えてきました。
EV-100/Epsonなどのプロジェクターは簡易的なサイネージ機能も備わっており、外部から制御することが可能になっています。
制御内容もメーカーによって異なるので、仕様書をチェックの上で利用してみてください。